يتكون الهيكل التنظيمي الداخلي لكلية الهندسة من مجموعة من الوحدات التي تتوزع ضمن مستويات إدارية وأكاديمية متعددة،  وتؤدي هذه الوحدات أعمالها بشكل متكامل لتحقيق رسالة الكلية وأهدافها التعليمية والبحثية والمجتمعية.